Funktionell precisionsmedicin och sekvensering av resistenta tumörsubkloner i neuroblastomorganoider

Funktionell precisionsmedicin och sekvensering av resistenta tumörsubkloner i neuroblastomorganoider

Neuroblastom är en tumör som uppstår under den prenatala utvecklingen och uppkommer ur neurallistceller i det sympatiska nervsystemet. I Sverige drabbas mellan 250 och 500 barn årligen, varav ca en tredjedel klassas som högrisk och har en relativt låg överlevnadsgrad, ca 50% fem år efter diagnos. Ofta saknas även biomarkörer som kan vägleda val av terapi. I detta projekt kommer vi att etablera 3-dimensionella cellkulturer, så kallade organoider, från neuroblastom, vilket är fysiologiskt mer relevant än traditionell cellkultur. Vi kommer undersöka om organoiderna kan förutsäga hur patienten svarar på sin cancerbehandling, men även funktionellt testa hur organoiderna svarar mot en stor uppsättning av övriga läkemedel. Förhoppningen är att kunna tillhandahålla en rangordnad lista efter läkemedlens effektivitet mot patientens egna neuroblastomceller, vilket läkaren kan ta i beaktning för behandling av tumöråterfall med låg överlevnadsgrad. Neuroblastomorganoider kommer etableras från biopsier innan behandling, tumörvävnad från operation samt från tumöråterfall och vi kommer undersöka hur drogresistans förändras under sjukdomsförloppet, samt korrelera detta med specifikt uppkomna mutationer. En viktig anledning för tumöråterfall är att lågfrekventa tumörsubkloner är resistenta mot läkemedlet. Vi har utvecklat metoder för att märka in och följa hur enskilda subkloners genom, traskriptom och epigenom förändras medan de utvecklar resistens mot läkemedel. Detta kommer användas för att identifiera resistensbiomarkörer mot de vanligast använda kemoterapierna vid behandling av neuroblastom. Slutligen kommer CRISPR-Cas9 screening genomföras på neuroblastomorganoiderna för att identifiera specifika gener som vid hämmande eller aktivering leder till ökad resistens mot kemoterapi. Fullbordad studie kommer leda till konceptvalidering för funktionell precisionsmedicin för neuroblastom, samt till ökad förståelse och identifiering av biomarkörer för drogresistens. .