Förbättrad differentiering av neuroblastom via spatiala och kombinatoriska CRISPR-screeningar
Förbättrad differentiering av neuroblastom via spatiala och kombinatoriska CRISPR-screeningar
Neuroblastom är en av de vanligaste och dödligaste tumörerna hos barn. Sjukdomen är ovanlig då vissa tumörer kan differentiera och självläka. Läkemedel som inducerar differentiering används också i behandlingen, men effektiviteten av nuvarande terapi är omdebatterad och kan ge upphov till biverkningar. Målet med detta projekt är att öka överlevnadsgraden hos barn med neuroblastom genom att identifiera nya läkemedel som kan förstärka eller ersätta nuvarande differentieringsterapier.
I samarbete med AstraZeneca har vi screenat 14 000 läkemedel för att hitta nya potentiella differentieringsterapier. Med utgångspunkt från dessa resultat kommer vi att använda CRISPR-screening tillsammans med single cell sekvensrting och spatial transkriptomik för att validera de mest lovande läkemedelsmålen och identifiera effektiva kombinationer.
Projektet fokuserar på tre huvudmål:
1. Utvärdera potentialen för enskilda läkemedel och kombinationer från differentieringsscreenen: Vi kommer att använda CRISPR-screening och singelcellsanalyser för att validera att inhibering av specifika gener inducerar differentiering i neuroblastom-organoidmodeller.
2. Undersöka spatiala effekter inom organoider: Vi kommer utveckla CRISPR-screens som avläses med spatiell transkriptomik med singlecellresolution, och använda detta för att studera hur cellers placering i organoider påverkar deras svar på differentieringsinducerande läkemedel.
3. Validera läkemedelseffektivitet över tid: De mest lovande läkemedlen och kombinationerna kommer att testas i längre in vitro experiment och i xenograftmodeller som efterliknar metastatisk sjukdom. Vi kommer att använda expressed cell barcoding för att följa differentiering av enskilda tumörsubkloner och få detaljerad insikt i läkemedlens långsiktiga effektivitet.
Genom detta forskningsarbete hoppas vi kunna utveckla effektivare differentieringsterapier som i slutändan förbättrar överlevnaden och behandlingsresultaten för barn med högriskneuroblastom.