Långa icke-kodande RNA vid utveckling av neuroblastom: funktionella och mekanistiska aspekter.

Långa icke-kodande RNA vid utveckling av neuroblastom: funktionella och mekanistiska aspekter.

Neuroblastom (NB) är den vanligaste formen av cancer i det perifera nervsystemet och drabbar i första hand barn under 5 år. De drabbade delas in i tre olika riskgrupper, de med låg risk, intermediär risk eller hög risk. Denna indelning förutsäger hur sannolikt det är för ett barn att bli botat från sjukdomen. Som denna indelning antyder är NB en mycket heterogen form av cancer: låg-risk NB har möjlighet att genomgå spontan regression, medan hög-risk NB ofta leder till vidare tumörprogression eller återfall efter behandling. Vi önskar här karaktärisera de mekanismer som understödjer spontan tumörregression hos patienter med låg-risk NB, samt utveckla nya terapier för att behandla patienter med hög-risk NB. I detta syfte har vi sekvenserat RNA från låg och hög-risk NB och på detta vis identifierat flera differentiellt uttryckta långa, icke-kodande RNA-molekyler (lncRNA). Två av de lncRNA som varierade mest mellan riskgrupperna var CASC15-003 och NBAT1(6p22lncRNAs). Dessa lncRNA kan användas för att riskbedömning av NB patienter: NB-patienter med högre uttryck har högre chans att överleva än patienter med lågt uttryck. I opublicerade försök har visat från kanduri lab att 6p22lncRNA medierar tumörsuppression genom att degradera proteiner som är viktiga för tumörutveckling. I den första delen av projektet önskar jag att undersöka hur lncRNA från 6p22.3 locus stävjar tumörutveckling hos NB-patienter. I den andra delen av projektet vill jag förstå i detalj hur sjukdomsassocierade single nucleotide polymorphism (SNP) och regulatoriska DNA-element såsom retinoic acid responsive elements organiserar genuttryck på 6p22.3-lokuset i normala och neuroblastomceller. Vi förväntar oss att detta projekt skall leda till en större förståelse av tumör-regression hos NB patienter och på längre sikt även kunna påverka behandlingen av hög riskpatienter.