Cold Spring Harbor Laboratory: Single-cell Analyses
Cold Spring Harbor Laboratory: Single-cell Analyses
Medulloblastom (MB) är den vanligaste maligna hjärntumören i barndomen och står för 15–20% av alla pediatriska hjärntumörer. Vår molekylärbiologiska kunskap om MB har ökat drastiskt de senaste tio åren, och bland annat lett fram till fyra olika subgrupperingar med delvis olika behandlingsprotokoll. Metoderna räcker dock inte hela vägen fram, då vi än idag har en hög mortalitet hos framför allt grupp 3 MB med endast 33% överlevnad. Vi har tack vare ett samarbete med Barntumörbanken lyckats applicera en ny molekylärbiologisk metod, singelcells-sekvensering av tumörvävnad från 14 svenska MB där alla subgrupper är representerade. Denna teknik möjliggör för oss att karakterisera varje enskild cell i tumören på gennivå. Vi tittar således inte bara på tumörceller, utan även på de omgivande cellerna, såsom immunceller och stödjevävnad. Detta är första gången som tekniken används på svenska fall, och endast ett par tidigare internationella studier finns, där man dock inte analyserade omgivande celler i detalj. I det här projektet har vi använt nya sorters av beräkningsanalyser, inklusive RNA-Velocity, som hjälpte oss att identifiera "tidiga" kontra "sena" tumörmarkörer, och Numbat - en ny algoritm som skapades för att möjliggöra studier av klonal evolution inom tumörer, vilket leder till en bättre förståelse för deras utveckling. Vi hoppas att all denna nya analys och de potentiella terapeutiska mål som vi har identifierat kommer att bana väg för utveckling av nya, mer individualiserade och mindre toxiska behandlingar för pediatriska medulloblastompatienter.