Genetiska markörer i nervcellstumörer – relevans för klinisk diagnostik och behandling

Genetiska markörer i nervcellstumörer – relevans för klinisk diagnostik och behandling

Identifiering av ärftliga och förvärvade genetiska förändringar har bidragit till en djupare kunskap kring hur cancer utvecklas. Tumörspecifika förändringarna utgör s.k. ”biomarkörer” som kan användas för cancerdiagnostik. Med hjälp av biomarkörer kan man matcha diagnos med rätt medicinering och samtidigt följa hur patienten svarar på behandling. Genetisk kartläggning ger också en förbättrad genetisk diagnostik och möjliggör nya behandlingsformer riktade mot de signalvägar som är aktiva i varje subtyp av tumörformen. Det aktuella projektet syftar till 1) att optimera och implementera detektion av fusionsgener i klinisk diagnostik för barnhjärntumörer, 2) utvärdera en ny GemCode-baserad sekvenseringsteknik för komplett molekylär subklassificering av nervcellstumörer 3) att funktionellt studera och identifiera vilka genetiska förändringar som har förmågan att driva tumörutveckling och spridning. Olika metoder, bl.a. fluorescens in situ hybridisering (FISH) och Next generation sequencing (NGS) utvärderas med avseende på sensitivitet och specificitet för detektion av fusionsgener i klinisk diagnostik. För tumörklassificering görs en riktad Exomsekvensering av alla kodande gener i kombination med en ny GEM-kodningsteknik som gör det möjligt att studera kopietals-förändringar och strukturella förändringar i samma DNA-analys. Syftet är att utvärdera metoden för att hitta en komplett molekylärgenetisk testning för användning inom klinisk diagnostik. Vi tar även kontinuerliga serum- och likvor- prov från patienterna vilket möjliggör att studera tumörspecifika förändringar i fritt cirkulerande DNA. På detta sätt hoppas vi att i framtiden kunna erbjuda enkla tester för att undersöka vilken tumörtyp som föreligger, upptäcka och stoppa spridning av sjukdomen, samt följa upp hur tumören svarar på behandling. Förbättrad molekylärdiagnostik och funktionella studier av DNA-varianters betydelse för tumörutveckling är centralt i framtagandet av nya förbättrade behandlingsformer.